Il generale Pinochet prese
il potere con un colpo di Stato, l'11 settembre 1973,
nel quale i golpisti bombardarono il Palazzo
Presidenziale con dei caccia Hawker Hunter di
fabbricazione britannica. Allende morì nel corso
dell'assedio al palazzo della Moneda. Le cause della sua
morte sono rimaste incerte e controverse. La tesi
ufficiale fu sin da subito che Allende si fosse
suicidato con il fucile mitragliatore che stava
utilizzando durante l'assedio (si presume che sia quello
che gli era stato regalato personalmente da Fidel
Castro) ed un'autopsia etichettò il suo decesso come
suicidio. Tuttavia, soprattutto da parte degli
oppositori al nuovo regime, sia in Cile che all'estero,
si sostenne da subito la tesi che fosse stato
assassinato dalle truppe di Pinochet durante l'irruzione
finale all'interno del palazzo che stava difendendo .
Dopo alcuni anni il suo
medico personale, che era tra quelli che insieme con
Allende si trovavano all'interno della Moneda, diede in
un'intervista (trasmessa negli anni '80 dalla
trasmissione televisiva Mixer di Giovanni Minoli) una
versione dettagliata dell'accaduto. Secondo il suo
racconto, a seguito del bombardamento aereo e del
successivo incendio, Allende avrebbe detto a coloro che
con lui difendevano la Moneda dalle finestre del I piano
di uscire dal Palazzo ormai indifendibile e sarebbe
rimasto solo nell'ufficio. Tuttavia il medico sarebbe
rientrato nell'ufficio nel momento in cui Allende si
sarebbe suicidato con una scarica di mitragliatore alla
testa dal basso in alto. In particolare il medico disse
di aver visto la parte superiore della calotta cranica
di Allende volar via per effetto della scarica.
Inizialmente la junta
che prese il potere era formata da quattro capi: oltre a
Pinochet della fanteria, c'erano Gustavo Leigh Guzmán
dell'aviazione, José Toribio Merino Castro della marina,
e César Mendoza Durán della gendarmeria. I capi del
golpe si accordarono subito per una presidenza a
rotazione e nominarono Pinochet capo permanente della
giunta.
Pinochet si mosse per
consolidare il suo controllo contro ogni opposizione. Il
13 settembre, la giunta sciolse il Congresso. Lo Stadio
Nazionale venne temporaneamente converito in una immensa
prigione. Approssimativamente 130.000 individui vennero
arrestati in un periodo di tre anni, con il numero di
"scomparsi" che raggiunse le migliaia nel giro di pochi
mesi. Gran parte delle persone prese di mira erano stati
sostenitori di Allende; il "decreto del 13 settembre",
tra le altre cose, mise fuori legge i partiti che
avevano fatto parte di Unità Popolare.
Nelle sue memorie, Pinochet
afferma che fu l'organizzatore principale del golpe ed
usò la sua posizione di comandante dell'esercito per
coordinare un piano estensivo, che era stato concordato
con altri settori militari. Negli anni recenti,
comunque, alti gradi delle forze armate dell'epoca hanno
dichiarato che Pinochet si fece coinvolgere con
riluttanza nel colpo di Stato, pochi giorni prima della
data stabilita.
Quando la giunta fu al
potere, Pinochet ne consolidò ben presto il controllo,
prima mantenendo la guida solitaria della giunta (che in
base agli accordi originali doveva ruotare tra i
membri), e poi venendo proclamato Presidente della
Repubblica.